این بخش فعالیت خود را از سال 1374با عنوان واحد تحقیقات کنترل و گواهی بذر و نهال زیر نظر بخش تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر مرکز آغاز نمود و در سال 1386 به بخش تحقیقات ثبت و گواهی بذر و نهال تغییر نام یافت.